Le récit de Bone x Hunter suit trois personnages principaux - Kento Tetsuo, Akio Yamamoto et Sakura Nakamura. Leur quête les conduit à travers différentes partie du Royaume du Soleil levant, où ils sont confrontés à de nombreux défi et obstacles. En cours de route, ils font face à des créatures dangereuse, terrain périlleux, et des batailles féroces contre d'autres guerriers qui son également à la recherche de l’artéfact BONE...