Los protectores de ruinas gira en torno al dios azteca Huitzilopochtli, enojado por el abandono de costumbres de la cultura precolombina. Para lo cual, baja a la tierra para cobrar venganza y revisar él mismo a los templos dedicados a los dioses. Huitzilopochtli es acompañado por otros 3 dioses aztecas: Quetzalcoatl (preocupado que Huitzilopochtli haga un desastre en la tierra), Tláloc (como pretexto para huir de su esposa) y Tezcatlipoca (que aún no logra entender bien qué hace ahí). Después conocerán a dos mortales (Luna y Caleb) que serán el contacto del mundo mitológico con el mundo terrestre. Conforme va avanzando la historia se van presentando más personajes relacionados con la mitología prehispánica y se van generando diversos conflictos relacionados con la conservación del patrimonio histórico.