Saki Kobayashi es un niño que despierta en el último vagón de un tren en movimiento, con nada más que una vela y recuerdos nublados. Tras esperar a que el tren se detenga por horas, se da cuenta que no parece que pare pronto. En ningún momento recuerda haber entrado a ese tren, así que decide que, en son de volver a casa, irá vagón tras vagón hasta llegar al primero, para así detener el tren por su cuenta. Sin embargo, no sabe los secretos del Tren Isshō.