Lorsqu'un être vivant meurt en laissant derrière lui la chose qui lui était le plus chère, celui-ci se voit entraîner dans les Abysses, un lieu dangereux et mystérieux. C'est le cas de Sora, un jeune homme borgne qui a perdu la mémoire, et, qui grâce à sa descente dans les Abysses, se souviendra de la personne qu'il était autrefois.