Ini Kisah tentang para pemilik Mikrokosmos; bola indah penuh sihir yang misterius, mikrokosmos membiaskan berbagai warna dan cahaya. Bola istimewa yang hanya dimiliki oleh mereka yang memiliki  cinta, dedikasi serta kasih sayang yang besar.  Kisah tentang Merline, Dustin, Hideo, dan Danial serta apa yang ada di balik dunia dalam kotak rahasia milik mereka.